عصر روز چهارشنبه ‌28 مرداد 1388، آقاي بروجردي پس از گذراندن حدود 9 ماه از دوره 10 ساله حبس در تبعيد، به طور ناگهاني از زندان مركزي يزد به زندان اوين انتقال يافت. بنابر اعلام شاهدان عيني، اين امر تحت تدابير شديد امنيتي انجام شد.

این روحانی ناراضی که حدود سه سال است در زندان به سر می برد، دچار مشکلات روحی و جسمی متعددی شده است، منابع مطلع عنوان میدارند علاوه بر پیگیریهای مستمر خانواده ایشان، آلودگی بالای آب آشامیدنی زندان یزد در کنار عارضه های قلبی و کلیوی ایشان و فقدان امکانات پزشکی مورد نیاز نیز می تواند از دلایل این انتقال باشد.

لازم به ذكر است از روز 15 ارديبهشت ماه سال جاری بعد از انتشار نامه سرگشاده اين زندانی عقیدتی به دبير كل سازمان ملل متحد مبني بر نامشروع دانستن حكومت فعلي ايران و درخواست كمك بين المللي جهت برگزاري رفراندوم آزاد، وی را به بند انفرادي زندان یزد منتقل و تحت انواع فشارهای روحی و روانی قرار دادند، نامبرده در اعتراض به این رویه حدود يك ماه را نيز در اعتصاب غذا به سر برد و چند نوبت نیز در درمانگاه زندان بستری شد.